H Ανώτατη Εκκλησιαστική Ακαδημία Ηρακλείου Κρήτης διαθέτει φοιτητική Εστία, στην οποία μπορούν να διαμένουν δωρεάν όσοι από τους επιτυχόντες σπουδαστές του Προγράμματος Ιερατικών Σπουδών το επιθυμούν. Η Εστία τελεί υπό την ευθύνη του Σεβασμιωτάτου Αρχιεπισκόπου Κρήτης κ.κ. Ειρηναίου, ευρίσκεται δίπλα στην Ακαδημία και διαθέτει άνετο χώρο στάθμευσης.