Oι ενδιαφερόμενοι υποβάλλουν σχετική αίτηση στο Υπουργείο Παιδείας, σύμφωνα με τις διατάξεις και τις ημερομηνίες που ορίζει. Εάν η αίτησή τους, γίνει αποδεκτή από το Υπουργείο για μετεγγραφή στην Πατριαρχική Ανώτατη Εκκλησιαστική Ακαδημία Κρήτης, τότε αποστέλλουν τα σχετικά δικαιολογητικά στην Ακαδημία.