Η Πατριαρχική Ανωτάτη Εκκλησιαστική Ακαδημία Κρήτης επιδιώκει τις συνεργασίες με άλλα πανεπιστημιακά ιδρύματα και φορείς προκειμένου να διευρύνει την εκπαιδευτική, κοινωνική και πολιτιστική της προσφορά. Στο πλαίσιο αυτό, η Π.Α.Ε.Α.Κ έχει υπογράψει πρωτόκολλα συνεργασίας με τους παρακάτω φορείς:

1. Θεολογική Ακαδημία του VOLYN στην Ουκρανία. Βλ. σχετική παραπομπή και πρωτόκολλο.

2. REVIVART Association. Βλ. Learning Agreement.

3. Κοινωνικός Συνεταιρισμός ΝΕΦΕΛΑΙΩΝΑΣ. H ΠΑΕΑΚ διατηρεί πρωτόκολλο συνεργασίας με τον κοινωνικό συνεταιρισμό ΝΕΦΕΛΑΙΩΝΑ ΚΟΙΝ.Σ.ΕΠ. (βλ. και σχετική ανακοίνωσηγια την υποστήριξη της ανάπτυξης των ευρύτερων διεθνών συνεργασιών του ιδρύματος και για την παροχή ευκαιριών συμμετοχής φοιτητών και αποφοίτων σε δράσεις διαπολιτισμικής μη τυπικής εκπαίδευσης και ευρωπαϊκής κινητικότητας. Για περισσότερες πληροφορίες οι ενδιαφερόμενοι φοιτητές μπορούν να απευθύνονται στον κοινωνικό συνεταιρισμό ΝΕΦΕΛΑΙΩΝΑ ΚΟΙΝ.Σ.ΕΠ. ώστε να κλείσουν κάποιο ραντεβού εξατομικευμένης πληροφόρησης. Γενικές πληροφορίες για τις σχετικές ευκαιρίες διαπολιτισμικής μη τυπικής εκπαίδευσης και ευρωπαϊκής κινητικότητας που παρέχει ο κοινωνικός συνεταιρισμός ΝΕΦΕΛΑΙΩΝΑΣ υπάρχουν διαθέσιμες εδώ.

Στο εγγύς μέλλον αναμένεται να υπογραφούν Πρωτόκολλα Συνεργασίας με τα παρακάτω Ιδρύματα και Φορείς: 1) Θεολογική Σχολή του Τιμίου Σταυρού της Βοστώνης. Έπειτα από τις θεσμικές συνομιλίες αποφασίστηκε και αναμένεται να υπογραφεί πρωτοκολλο συνεργασίας. 2) Ελληνικό Ανοικτό Πανεπιστήμιο, 3) Επικοινωνιακό και Μορφωτικό Ίδρυμα της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Κρήτης, και 4) Παγκρήτιο Λαογραφικό Σύλλογο.