Στην Ακαδημία λειτουργεί Βιβλιοθήκη, η οποία δημιουργήθηκε από το έτος 1992, έτος ίδρυσης της ΑΕΣ Κρήτης. Στεγάζεται σε ανεξάρτητο χώρο. Περιέχει καταγεγραμμένους περίπου δέκα χιλιάδες τόμους, μεγάλο αριθμό περιοδικών, ψηφιακούς δίσκους, πολύτιμο υλικό προς δανεισμό και μελέτη των φοιτητών, των διδασκόντων και παντός ενδιαφερόμενου αναγνώστη. Τα βιβλία που έχουν καταλογογραφηθεί αποκτήθηκαν από δωρεές, όπως ενδεικτικά της Ιεράς Μονής Επανωσηφίου, Στελεχών της Εκκλησίας, του ΥΠΕΠΘ, καθηγητών της ΑΕΣ, της ΠΑΕΑΚ, καλύπτουν δε επαρκώς τους γνωστικούς τομείς της Θεολογίας, Ιστορίας των Ορθοδόξων Πατριαρχείων, Μουσικολογίας, αρχαίας και νεοελληνικής λογοτεχνίας και συναφών επιστημονικών πεδίων. Τα περιοδικά διαχωρίζονται σε επιστημονικά, ομόλογα των παραπάνω τομέων και εκδοτικά των Ιερών Μητροπόλεων της Εκκλησίας της Κρήτης και της λοιπής Ελλάδος. Επίσης υπάρχει αρχείο πτυχιακών εργασιών. Τα τελευταία έτη καταβάλλεται προσπάθεια να ανασυγκροτηθεί ο χώρος προς διευκόλυνση των επισκεπτών. Το Α.Σ. καταβάλλει επίμοχθες προσπάθειες προς τούτο, όπως άρχισε να υλοποιείται κατά τον χρόνο εποπτείας της Β. από τον αν. Καθηγητή Αγιολογίας Υμνολογίας κ. Εμμ. Δουνδουλάκη. Από τον δε Απρίλιο του 2025, ύστερα από εισήγηση του Προέδρου της ΠΑΕΑΚ, αν. Καθηγητή Ιστ. Βυζαντινής Μουσικολογίας κ. Μ. Ι. Στρουμπάκη, ορίσθηκε από το Α.Σ., επιτροπή Βιβλιοθήκης, με πρόεδρο τον κ. Εμμ. Ανδρουλιδάκη, μέλος Ε.ΔΙ.Π. της ΠΑΕΑΚ και μέλη ΔΠ. Απώτερος στόχος η ψηφιοποίηση των παλαίτυπων βιβλίων και η δημιουργία ηλεκτρονικής βάσης δεδομένων, σε συνεργασία με βιβλιοθήκες άλλων ΑΕΙ.