Στον αύλειο χώρο της Ακαδημίας λειτουργεί σε καθημερινή βάση ο ιδρυματικός ναός της Αγίας Σκέπης.
Στο ναό της Αγίας Σκέπης τελούνται οι ακολουθίες του όλου ενιαυτού. Επιπροσθέτως πραγματοποιούνται βάσει προγράμματος, διάφορες πρακτικές ασκήσεις στους τομείς της Μουσικής, της Ομιλητικής, της Λειτουργικής και της Τελετουργικής.
Στο πλαίσιο του προγράμματος σπουδών λειτουργούν δύο σύγχρονα εργαστήρια Η/Υ με σύνδεση στο Internet για παροχή κάθε πληροφορίας και γνώσεως προς τους φοιτητές. Παράλληλα σε ώρες εκτός μαθημάτων, λειτουργούν προγράμματα για την επιμόρφωση διαφόρων κοινωνικών ομάδων, όπως δασκάλων, καθηγητών και ενηλίκων. Ήδη μέχρι σήμερα έχουν επιμορφωθεί 96 εκπαιδευτικοί, 51 ενήλικες και δύο ομάδες κληρικών της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Κρήτης.
Σε κατάλληλο διαμορφωμένο χώρο λειτουργεί σύγχρονο Εργαστήριο Μουσικής, το οποίο αποτελείται από στούντιο ηχογραφήσεων, έκθεση παραδοσιακών μουσικών οργάνων, βιβλιοθήκη με βιβλία εκκλησιαστικής μουσικής σε βυζαντινή σημειογραφία, βιβλία παραδοσιακής μουσικής σε βυζαντινή και ευρωπαϊκή σημειογραφία. Το εργαστήριο διαθέτει φωνητικό αρχείο και αίθουσα Η/Υ.
Οι ενδιαφερόμενοι μπορούν να παρακολουθούν ακούσματα από τις μέχρι σήμερα ηχογραφήσεις. Οι φοιτητές και φοιτήτριες έχουν τη δυνατότητα να αποκτήσουν μια άρτια μουσική παιδεία τόσο σε θεωρητικό όσο και σε πρακτικό επίπεδο.
Κατά το ακαδημαϊκό έτος 2011-12 ολοκληρώθηκαν οι εργασίες ανακαινίσεως και πραγματοποιήθηκε η προμήθεια του απαραίτητου εξοπλισμού στην αίθουσα εκδηλώσεων της Ακαδημίας. Στον προαναφερθέντα χώρο διοργανώνονται συμπόσια, ημερίδες, συνέδρια και πραγματοποιείται η απονομή των πτυχίων των φοιτώντων και στα τρία Προγράμματα Σπουδών.
Στην Ακαδημία υπάρχει δανειστική βιβλιοθήκη, η οποία δημιουργήθηκε από το έτος 1992 με την ίδρυση της ΑΕΣ Κρήτης. Σήμερα λειτουργεί σε καθημερινή βάση και είναι εμπλουτισμένη με δέκα χιλιάδες και πλέον τόμους και ψηφιακούς δίσκους προς κατάρτιση των φοιτητών - φοιτητριών. Παρέχει βιβλιογραφική ενημέρωση και κάθε πληροφορία για τη σύνταξη των πτυχιακών τους εργασιών. Οι τόμοι αυτοί είναι ταξινομημένοι κατά κατηγορίες και καλύπτουν όχι μόνο το επιστημονικό πεδίο της Θεολογίας και της Μουσικής, αλλά και ένα ευρύ χώρο άλλων συγγενών επιστημών.
