H διοίκηση της Πατριαρχικής Ανώτατης Εκκλησιαστικής Ακαδημίας Κρήτης ασκείται από 11.01.2021 από το Ακαδημαϊκό Συμβούλιο, στο οποίο μετέχουν ο Πρόεδρος και τα παρακάτω μέλη Διδακτικού Προσωπικού:

Πρόεδρος Ακαδημαϊκού Συμβουλίου: 

κ. Μιχαήλ Στρουμπάκης (ΦΕΚ 1053/02-10-2023 τ. Υ.Ο.Δ.Δ.)

Αναπληρωτής Καθηγητής (ΦΕΚ διορισμού 1801/06-08-2021, τ. Γ΄)

Διευθυντής Σπουδών Προγράμματος Ιερατικών Σπουδών:

π. Αυγουστίνος Μπαϊραχτάρης

Καθηγητής (ΦΕΚ διορισμού 2946/16-06-2026, τ. Γ΄)

Διευθυντής Σπουδών Προγράμματος Εκκλησιαστικής Μουσικής και Ψαλτικής:

π. Δημήτριος Στρατής

Αναπληρωτής Καθηγητής (ΦΕΚ διορισμού 750/06-03-2024, τ. Γ΄)

Ακαδημαϊκό Συμβούλιο:

1. Μητροπολίτης Σελευκείας κ. Θεόδωρος Μεϊμάρης 

Καθηγητής (ΦΕΚ διορισμού 2178/08-09-2022, τ. Γ΄)

2. κ. Εμμανουήλ Δουνδουλάκης 

Καθηγητής (ΦΕΚ διορισμού 2491/15-06-2026, τ. Γ΄)

3. π. Αυγουστίνος Μπαϊραχτάρης 

Καθηγητής (ΦΕΚ διορισμού 2946/16-06-2026, τ. Γ΄)

4. κ. Μιχαήλ Στρουμπάκης 

Αναπληρωτής Καθηγητής (ΦΕΚ διορισμού 1801/06-08-2021, τ. Γ΄)

5.κ. Χριστόφορος Αρβανίτης 

Αναπληρωτής Καθηγητής (ΦΕΚ διορισμού 1804/09-08-2021, τ. Γ΄) 

6.π. Δημήτριος Στρατής 

Αναπληρωτής Καθηγητής (ΦΕΚ διορισμού 750/06-03-2024, τ. Γ΄)

7. π. Νήφων Βασιλάκης

Αναπληρωτής Καθηγητής (ΦΕΚ διορισμού 4560/18-09-2026, τ. Γ΄)

8. κ. Ιωάννης Λίλης 

Επίκουρος Καθηγητής (ΦΕΚ διορισμού 1792/13-07-2023, τ. Γ΄)

9.κ. Ροδάνθη Ανδρουλιδάκη

Επίκουρος Καθηγήτρια (ΦΕΚ διορισμού 3305/15-12-2023, τ. Γ΄)