Το Εργαστήριο Η/Υ της Πατριαρχικής Ανώτατης Εκκλησιαστικής Ακαδημίας Κρήτης υποστηρίζει ουσιαστικά την εκπαιδευτική και διοικητική λειτουργία του Ιδρύματος. Στο πλαίσιο του Προγράμματος Σπουδών, οι φοιτητές διδάσκονται τα μαθήματα Πληροφορικής, αποκτώντας σύγχρονες ψηφιακές δεξιότητες. Παράλληλα, το εργαστήριο αξιοποιείται και για άλλα μαθήματα όπου απαιτείται η χρήση υπολογιστών, αλλά και για την επιμόρφωση του διδακτικού και διοικητικού προσωπικού σε νέες τεχνολογίες και εφαρμογές Τ.Π.Ε. Διαθέτει δέκα (10) ηλεκτρονικούς υπολογιστές, προτζέκτορα και πλήρη δικτυακό εξοπλισμό στα rack, με τον οποίο διασυνδέονται όλοι οι χώροι της Ακαδημίας στο διαδίκτυο μέσω οπτικής ίνας.