Στην Ακαδημία λειτουργεί  Βιβλιοθήκη, η οποία δημιουργήθηκε από το έτος 1992, έτος ί-δρυσης  της ΑΕΣ Κρήτης. Στεγάζεται σε ανεξάρτητο χώρο. Περιέχει καταγεγραμμένους περί-που δέκα χιλιάδες τόμους, μεγάλο αριθμό περιοδικών, ψηφιακούς δίσκους, πολύτιμο υλικό προς δανεισμό και μελέτη των φοιτητών, των διδασκόντων και παντός ενδιαφερόμενου ανα-γνώστη. Τα βιβλία που έχουν καταλογογραφηθεί αποκτήθηκαν από δωρεές, όπως ενδεικτικά της Ιεράς Μονής Επανωσηφίου, Στελεχών της Εκκλησίας, του ΥΠΕΠΘ, καθηγητών της ΑΕΣ, της ΠΑΕΑΚ, καλύπτουν δε επαρκώς τους γνωστικούς τομείς της Θεολογίας, Ιστορίας των Ορ-θοδόξων Πατριαρχείων, Μουσικολογίας, αρχαίας και νεοελληνικής λογοτεχνίας και συναφών επιστημονικών πεδίων. Τα περιοδικά διαχωρίζονται σε επιστημονικά, ομόλογα των παραπά-νω τομέων και εκδοτικά των Ιερών Μητροπόλεων της Εκκλησίας της Κρήτης και της λοιπής Ελλάδος. Επίσης υπάρχει αρχείο πτυχιακών εργασιών. Τα τελευταία έτη καταβάλλεται προ-σπάθεια να ανασυγκροτηθεί ο χώρος προς διευκόλυνση των επισκεπτών. Το Α.Σ. καταβάλλει επίμοχθες προσπάθειες προς τούτο, όπως άρχισε να υλοποιείται κατά τον χρόνο εποπτείας της Β. από τον αν. Καθηγητή Αγιολογίας Υμνολογίας κ. Εμμ. Δουνδουλάκη. Από τον δε Απρί-λιο του 2025, ύστερα από εισήγηση του Προέδρου της ΠΑΕΑΚ, αν. Καθηγητή Ιστ. Βυζαντινής Μουσικολογίας κ. Μ. Ι. Στρουμπάκη, ορίσθηκε από το Α.Σ., επιτροπή Βιβλιοθήκης, με πρόε-δρο τον κ. Εμμ. Ανδρουλιδάκη, μέλος Ε.ΔΙ.Π. της ΠΑΕΑΚ και μέλη ΔΠ. Απώτερος στόχος η ψηφιοποίηση των παλαίτυπων βιβλίων και η δημιουργία ηλεκτρονικής βάσης δεδομένων, σε συνεργασία με βιβλιοθήκες άλλων ΑΕΙ.