Στην ΠΑΕΑΚ λειτουργεί, επίσης, το Πρόγραμμα Εξομοίωσης Πτυχίου για αποφοίτους των Ανώτερων Εκκλησιαστικών Σχολών, διάρκειας 2 εξαμήνων. Σύμφωνα με τα άρθρα 1 και 2 της Υπουργικής Απόφασης 101133 (ΦΕΚ 1512/Β/13-10-2006), στη διαδικασία εξομοίωσης πτυχίων προς το Πρόγραμμα Ιερατικών Σπουδών των Ανώτατων Εκκλησιαστικών Ακαδημιών δύνανται να συμμετέχουν οι κάτοχοι πτυχίου των Ανώτερων Εκκλησιαστικών Σχολών Αθηνών, Θεσσαλονίκης, Βελλάς Ιωαννίνων και Ηρακλείου Κρήτης, καθώς και ισότιμων και αντίστοιχων Ορθόδοξων Εκκλησιαστικών Σχολών της αλλοδαπής, εφόσον διαθέτουν απολυτήριο εξαταξίου Γυμνασίου ή Λυκείου ή πιστοποιητικό ελληνομάθειας επιπέδου Δ΄. Η εξομοίωση προϋποθέτει την υποβολή αίτησης, την κατάταξη στο Πρόγραμμα Ιερατικών Σπουδών της ΠΑΕΑΚ ή τη συμμετοχή στο Ειδικό Ταχύρρυθμο Πρόγραμμα Εξομοίωσης, καθώς και την παρακολούθηση και επιτυχή εξέταση στα μαθήματα που θα οριστούν για κάθε ενδιαφερόμενο. Οι αιτήσεις υποβάλλονται αυτοπροσώπως ή ηλεκτρονικά στη Γραμματεία κατά τον μήνα Μάιο κάθε έτους και συνοδεύονται υποχρεωτικά από αντίγραφο του προς εξομοίωση πτυχίου. Για πτυχία αλλοδαπής απαιτείται επίσημη μετάφραση και επικύρωση, αναλυτικό πρόγραμμα μαθημάτων και βαθμολογία, καθώς και απολυτήριο εξαταξίου Γυμνασίου ή Λυκείου ή πιστοποιητικό ελληνομάθειας. Προαιρετικά δύνανται να υποβληθούν τίτλοι σπουδών, πιστοποιητικά επιμόρφωσης, ερευνητικό ή συγγραφικό έργο και αποδεικτικά γνώσης ξένων γλωσσών. Η αξιολόγηση των αιτήσεων πραγματοποιείται από το Ακαδημαϊκό Συμβούλιο έως τις 15 Σεπτεμβρίου κάθε έτους. Ο αριθμός των μαθημάτων που υποχρεούται να παρακολουθήσει και να εξεταστεί επιτυχώς κάθε υποψήφιος δεν μπορεί να υπερβαίνει το ένα τέταρτο (1/4) του συνόλου των μαθημάτων του Προγράμματος Ιερατικών Σπουδών.