Στον αύλειο χώρο της Ακαδημίας λειτουργεί σε καθημερινή βάση ο ιδρυματικός ναός της Αγίας Σκέπης.
Στο ναό της Αγίας Σκέπης τελούνται οι ακολουθίες του όλου ενιαυτού. Επιπροσθέτως πραγματοποιούνται βάσει προγράμματος, διάφορες πρακτικές ασκήσεις στους τομείς της Μουσικής, της Ομιλητικής, της Λειτουργικής και της Τελετουργικής.
H Ανώτατη Εκκλησιαστική Ακαδημία Ηρακλείου Κρήτης διαθέτει φοιτητική Εστία, στην οποία μπορούν να διαμένουν δωρεάν όσοι από τους επιτυχόντες σπουδαστές του Προγράμματος Ιερατικών Σπουδών το επιθυμούν. Η Εστία τελεί υπό την ευθύνη του Σεβασμιωτάτου Αρχιεπισκόπου Κρήτης κ.κ. Ειρηναίου, ευρίσκεται δίπλα στην Ακαδημία και διαθέτει άνετο χώρο στάθμευσης.
Σε κατάλληλο διαμορφωμένο χώρο λειτουργεί σύγχρονο Εργαστήριο Μουσικής, το οποίο αποτελείται από στούντιο ηχογραφήσεων, έκθεση παραδοσιακών μουσικών οργάνων, βιβλιοθήκη με βιβλία εκκλησιαστικής μουσικής σε βυζαντινή σημειογραφία, βιβλία παραδοσιακής μουσικής σε βυζαντινή και ευρωπαϊκή σημειογραφία. Το εργαστήριο διαθέτει φωνητικό αρχείο και αίθουσα Η/Υ.
Οι ενδιαφερόμενοι μπορούν να παρακολουθούν ακούσματα από τις μέχρι σήμερα ηχογραφήσεις. Οι φοιτητές και φοιτήτριες έχουν τη δυνατότητα να αποκτήσουν μια άρτια μουσική παιδεία τόσο σε θεωρητικό όσο και σε πρακτικό επίπεδο.
Κατά το ακαδημαϊκό έτος 2011-12 ολοκληρώθηκαν οι εργασίες ανακαινίσεως και πραγματοποιήθηκε η προμήθεια του απαραίτητου εξοπλισμού στην αίθουσα εκδηλώσεων της Ακαδημίας. Στον προαναφερθέντα χώρο διοργανώνονται συμπόσια, ημερίδες, συνέδρια και πραγματοποιείται η απονομή των πτυχίων των φοιτώντων και στα τρία Προγράμματα Σπουδών.
Στο πλαίσιο του προγράμματος σπουδών λειτουργούν δύο σύγχρονα εργαστήρια Η/Υ με σύνδεση στο Internet για παροχή κάθε πληροφορίας και γνώσεως προς τους φοιτητές. Παράλληλα σε ώρες εκτός μαθημάτων, λειτουργούν προγράμματα για την επιμόρφωση διαφόρων κοινωνικών ομάδων, όπως δασκάλων, καθηγητών και ενηλίκων. Ήδη μέχρι σήμερα έχουν επιμορφωθεί 96 εκπαιδευτικοί, 51 ενήλικες και δύο ομάδες κληρικών της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Κρήτης.