H διοίκηση της Ακαδημίας ασκείται από 11.01.2021 από το Ακαδημαϊκό Συμβούλιο, στο οποίο μετέχουν ο Πρόεδρος και τα παρακάτω μέλη Διδακτικού Προσωπικού:

ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΟ ΣΥΜΒΟΥΛΙΟ ΤΗΣ ΠΑΤΡΙΑΡΧΙΚΗΣ ΑΝΩΤΑΤΗΣ ΕΚΚΛΗΣΙΑΣΤΙΚΗΣ ΑΚΑΔΗΜΙΑΣ ΚΡΗΤΗΣ

1. κ. Μιχαήλ Στρουμπάκης, Αναπληρωτής Καθηγητής (ΦΕΚ διορισμού 1801/06-08-2021, τ. Γ΄), Πρόεδρος Ακαδημαϊκού Συμβουλίου (ΦΕΚ 1053/02-10-2023 τ. Υ.Ο.Δ.Δ.)
   
2. κ. Χριστόφορος Αρβανίτης, Αναπληρωτής Καθηγητής (ΦΕΚ διορισμού 1804/09-08-2021, τ. Γ΄), Διευθυντής Σπουδών Προγράμματος Ιερατικών Σπουδών
   
3. π. Αυγουστίνος Μπαϊραχτάρης, Αναπληρωτής Καθηγητής (ΦΕΚ διορισμού 1255/7-8-2020, τ. Γ΄ και 1349/4-9-2020, τ. Γ΄), Διευθυντής Σπουδών Προγράμματος Εκκλησιαστικής Μουσικής και Ψαλτικής, Μέλος
4. Μητροπολίτης Σελευκείας κ. Θεόδωρος Μεϊμάρης, Καθηγητής (ΦΕΚ διορισμού 2178/08-09-2022, τ. Γ΄), Μέλος
5. κ. Εμμανουήλ Δουνδουλάκης, Αναπληρωτής Καθηγητής (ΦΕΚ διορισμού 1255/7-8-2020, τ. Γ΄ και 1349/4-9-2020, τ. Γ΄), Μέλος
   
6. π. Δημήτριος Στρατής, Αναπληρωτής Καθηγητής (ΦΕΚ διορισμού 750/06-03-2024, τ. Γ΄), Μέλος
7. κ. Ιωάννης Λίλης, Επίκουρος Καθηγητής (ΦΕΚ διορισμού 1792/13-7-2023, τ. Γ΄), Μέλος
   
8. κ. Ροδάνθη Ανδρουλιδάκη, Επίκουρος Καθηγήτρια – με θητεία (ΦΕΚ διορισμού 1849/11-10-2019, τ. Γ΄ και 2047/04-11-2019 τ. Γ΄), Μέλος
9. κ. Εμμανουήλ Ξυνάδας, Επίκουρος Καθηγητής – με θητεία (ΦΕΚ διορισμού 1880/20-8-2021, τ. Γ΄), Μέλος